Sinceramente mi sembra improbabile che, facendo lo scatto in RAW+JPG, la prima sia fuori fuoco e la seconda no, visto che si tratta di una unica acquisizione.
La minore definizione del JPG non c'entra nulla. Una foto fuori fuoco significa che il soggetto non è nitido e magari lo è qualcosa a distanza differente.
Il 200 600 non è un'ottica maneggevole, specie se usata sulla focale più lunga ed in condizioni critiche. A volte si confonde il mosso con lo sfocato, la stabilizzazione aiuta, ma non fa miracoli.
La maschera che nei software visualizza la zona a fuoco, è indicativa ed in alcuni casi "di bocca buona".
La velocità della scheda SD non influisce sulla qualità delle foto: non è che se la macchina scarica i dati più piano, si possa generare del mosso.
P.S. vedere qualche esempio magari aiuterebbe
